Poziomy trudności są cztery: Normal, Hard, Greed (Dodany w The Binding of Isaac: Afterbirth) i Greedier (Afterbirth+)
Hard różni się od Normal ze względu na pojawianie się serc, monet, bomb i kluczy.
Greed mode różni się zupełnie od Normal i Hard. Polega on na przetrwaniu 10 fal Potworów.
Greedier jest trudniejszą wersją Greed. W nim, zamiast 10 fal, jest 11, a ostateczny boss posiada swoją drugą Silniejszą formę.
