Isaac è il personaggio principale titolare di the binding of Isaac. Isaac è bambino nudo piangente che deve scappare da sua mamma che lo vuole assalire. Isaac piaceva giocare con i suoi pupazzetti e disegnare,ma una terribile scoperta che Dio gli ordina a mamma di ucciderlo perché è corrotto, allora il nostro protagonista entra nella cantina e deve affrontare una miliarde di nemici simili a lui. È capace di creare delle lacrime dannose che danneggiano i nemici. Dopo aver ucciso il boss finale ci saranno diversi finali per la scelta del giocatore