Les Mulligans sont des ennemis assez faibles qui apparaissent uniquement dans The Basement, mais peut aussi être engendré par Mom. Ils ressemblent à des gens avec des têtes gonflées, et sont constamment à pleurer et gémir. Les Mulligans tentent d'éviter le joueur autant que possible, et peuvent même foncer sur des pics ou dans les feux pour le faire. Ils ne blessent pas le joueur au contact, mais rester près d'eux est très imprudent : ils peuvent se suicider et exploser (comme Mulligoons) et lancer 4 projectiles en diagonale.
Si le joueur les tuent, ils produisent 2 à 4 mouches (Fly et Pooter) choisies aléatoirement, il est donc conseillé de détruire toutes les crottes dans la salle, vu que les Flies noires sont connus pour se transformer en Pooters près des crottes.
Ils sont parfois remplacés par leurs homologues de couleur grise, appelés Mulligoon, voire par des Mulliboom avec l'extension, mais ils peuvent être vus ensembles dans la même pièce.