Todos los jefes del juego anterior regresan en Rebirth, además de muchos más jefes basados en monstruos introducidos también en Rebirth con un total de 102 jefes y 20 subjefes. En Afterbirth se añaden 10 jefes, en Afterbirth+ se añaden 6 y en Repentance se añaden 30 jefes y 2 subjefes.
También se añadió la posibilidad de encontrarse con un Problemas x2, en donde se debe combatir dos jefes en vez de uno. Estos vienen de una fuente separada y solo tienen Jefes del capítulo anterior. Este evento es aleatorio y muy raro.
Capítulo 1[]
Sótano[]
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| Monstro TBOI | Géminis (Jefe) TBOI | Steven (jefe) TBOI | Larry Jr. TBOI | |||||
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| El Duque de las Moscas TBOI | Hambruna TBOI | El Caído TBOI | Apestosos RB | |||||
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| Jinete Sin Cabeza RB | Heces RB | Hediondos AB | El Harapiento AB RP | |||||
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| El Mojón AB | Cuernito (jefe) AB | Ciruelita RP | ||||||
Cellar[]
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| The Haunt | Pin | Widow | |||
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| Blighted Ovum | Dingle | Larry Jr. | |||
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| The Duke of Flies | Famine | Gurglings | |||
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| Rag Man AB | Little Horn AB | Fistula RP | |||
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| Baby Plum RP | |||||
Burning Basement[]
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| Monstro | The Haunt RP | Rag Man | |||
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| Larry Jr. | The Duke of Flies | Famine | |||
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| Little Horn | Dingle RP | Dangle RP | |||
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| Gemini RP | Steven RP | Gurglings RP | |||
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| Turdlings RP | Baby Plum RP | ||||
Capítulo 1.5[]
Downpour[]
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| Lil Blub RP | Wormwood RP | ||
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| The Rainmaker RP | Min-Min RP |
Dross[]
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| Clog RP | Colostomia RP | Turdlet RP | |||
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| Lil Blub RP | Wormwood RP | ||||
Capítulo 2[]
Caves[]
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| Chub (Rebirth) | Gurdy (Rebirth) | Gurdy Jr. (Rebirth) | |||
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| Mega Maw (Rebirth) | Mega Fatty (Rebirth) | C.H.A.D. (Rebirth) | |||
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| The Dark One (Rebirth) | Pestilence (Rebirth) | Big Horn (Afterbirth+) | |||
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| Rag Mega (Afterbirth+) | |||||
Catacombs[]
Flooded Caves[]
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| Chub (Rebirth) | Gurdy (Rebirth) | The Dark One (Rebirth) | |||
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| Pestilence (Rebirth) | The Frail (Afterbirth) | The Forsaken (Afterbirth) | |||
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| The Stain (Afterbirth) | Big Horn (Afterbirth+) | ||||
Capítulo 2.5[]
Mines[]
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| Reap Creep RP | Tuff Twins RP | ||||
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| Great Gideon RP | Hornfel RP | ||||
Ashpit[]
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| The Pile RP | The Shell RP | Great Gideon RP | |||
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| Singe RP | Clutch RP | ||||
Capítulo 3[]
Estos jefes solamente puede aparecer en el primer piso del capítulo 3. En el segundo piso siempre está el mismo jefe final. Por lo que los siguientes jefes son lo que aparecen en Depths/Necropolis/Dank Depths I.
Depths[]
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| The Cage (Rebirth) | Monstro II (Rebirth) | Gish (Rebirth) | |||
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| The Adversary (Rebirth) | The Gate (Rebirth) | Loki (Rebirth) | |||
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| War (Rebirth) | |||||
Necropolis[]
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| The Bloat (Rebirth) | The Carrion Queen (Rebirth) | Mask of Infamy (Rebirth) | |||
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| The Wretched (Rebirth) | The Gate (Rebirth) | Loki (Rebirth) | |||
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| War (Rebirth) | |||||
Dank Depths[]
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| The Bloat (Rebirth) | War (Rebirth) | The Adversary (Rebirth) | |||
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| Brownie (Afterbirth) | Sisters Vis (Afterbirth+) | ||||
Capítulo 3.5[]
Estos jefes solamente puede aparecer en el primer piso del capítulo 3.5. En el segundo piso siempre está el mismo jefe final y Mom's Heart.
Mausoleum[]
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| The Siren RP | The Heretic RP | ||||
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| Mom | Mom's Heart |
Gehenna[]
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| The Visage RP | The Horny Boys RP | ||||
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| Mom | Mom's Heart |
Capítulo 4[]
Como en el capítulo 3, el jefe del segundo piso siempre es el mismo. Por lo que los siguientes jefes son los que pueden aparecer en Womb/Utero/Scarred Womb I.
Womb[]
Utero[]
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| The Bloat (Rebirth) | Blastocyst (Rebirth) | Teratoma (Rebirth) | |||
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| Sisters Vis (Afterbirth) | Mama Gurdy (Rebirth) | Death (Rebirth) | |||
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| Conquest (Rebirth) | Lokii (Rebirth) | The Matriarch (Afterbirth+) |
Scarred Womb[]
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| Scolex (Rebirth) | Death (Rebirth) | Conquest (Rebirth) | |||
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| The Matriarch (Afterbirth+) | |||||
Capítulo 4.5[]
Blue Womb[]
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| Hush AB | |||||
Corpse[]
A diferencia de Blue Womb, Corpse se accede desde Mausoleum/Gehenna II
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| The Scourge RP | Chimera RP | |||
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| Rotgut RP | Mother RP | |||
Capítulo 5[]
Sheol[]
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| Satan (Rebirth) |
Cathedral[]
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| Isaac (jefe) (Rebirth) |
Capítulo 6[]
Chest[]
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| ??? (jefe) (Rebirth) | Mega Satan (Rebirth) |
Dark Room[]
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| The Lamb (Rebirth) | Mega Satan (Rebirth) |
Capítulo 7[]
Vacío[]
En este piso puede aparecer cualquier jefe, pero principal es:
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| Delirium AB+ |
Home[]
Pese a ser el ultimo piso se accede desde el capítulo 3, nivel II
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| The Beast RP | Dogma (jefe) RP |
Double Trouble[]
Los Double Trouble son eventos aleatorios que remplazan a algún jefe de piso que consisten en combatir dos jefes en vez de uno solo. Esto es posible de ocurrir en los dos pisos del capítulo 2, el primer piso del capítulo 3 y del capítulo 4. Una Double Trouble siempre sucede en una habitación doble, ya sea 2x1 ó 1x2 dependiendo de los jefes. Usualmente es un mismo jefe dos veces, pero también es posible enfrentar dos jefes distintos (algunas de estas combinaciones en los archivos son referidas como Double Trouble combo, a diferencia que las "Double Trouble" normales).
Los jefes que aparecen no dependen de cuál piso se esté, pero en vez de cuál capítulo es. Debido a la como los jefes finales funcionan, no pueden ser remplazados por una Double Trouble. Y no hay Double Trouble para Basement, por lo que no pueden aparecer en los dos primeros pisos.
Capítulo 2[]
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| Monstro + Monstro | Larry Jr. + Larry Jr. |
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| Pin + Pin | The Duke of Flies + The Duke of Flies |
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| Gemini + Gemini | Dingle + Dingle |
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| Polycephalus + Polycephalus | Widow + Widow |
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| Gurglings + Gurglings | Rag Man + Rag Man |
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| Mega Fatty + Pin | Rag Man + Gemini |
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| Larry Jr. + Pin | The Duke of flies + Monstro |
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| Monstro + Larry Jr. | The Frail + The Frail |
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| Turdlings + Gurglings | Dangle + Turdlings |
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| Rag Man + The Hollow | Pin + Chub |
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| Pin + Blighted Ovum | Gurglings + C.H.A.D. |
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| Rag Man + The Duke of Flies | Fistula + Monstro |
Capítulo 3[]
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| The Haunt + The Haunt | Mega Fatty + Mega Fatty |
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| The Wretched + The Wretched | Blighted Ovum + Blighted Ovum |
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| The Dark One + The Dark One | Mega Maw + Mega Maw |
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| Gurdy Jr. + Gurdy Jr. | Chub + Chub |
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| The Husk + The Husk | The Hollow + The Hollow |
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| Peep + Peep | Little Horn + Little Horn |
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| Loki + Little Horn | Little Horn + The Dark One |
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| Little Horn + Rag Man | Gurglings + Chub |
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| Dangle + Dangle | Turdlings + Turdlings |
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| The Frail + The Husk | Dangle + The Frail |
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| Mega Maw + Dingle | Larry Jr. + Sisters Vis |
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| Big Horn + Little Horn | Rag Mega + Rag Man |
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| The Stain + Gurglings | The Forsaken + Rag Man |
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| Peep + Fistula | Gurdy + Gurglings |
Capítulo 4[]
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| The Gate + The Gate | The Fallen + The Fallen |
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| The Cage + The Cage | Gurdy + Gurdy |
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| Loki + Loki | Dingle + Dingle |
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| Gurdy + Gurdy Jr. | Brownie + Dingle |
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| The Adversary + The Dark One | Mask of Infamy + Gurdy Jr. |
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| The Fallen + Little Horn | Dangle + Turdlings |
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| Blastocyst + Blastocyst | Mr. Fred + Gurdy Jr. |
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| Sisters Vis + The Husk | Sisters Vis + Lokii |
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| Rag Man + Rag Mega | Big Horn + Little Horn |
Jefes universales[]
Los jefes universales (no hay nombre oficial para el término) son aquellos jefes que pueden ser los jefes del piso remplazando a cualquier jefe de cualquier piso. Sin embargo, no pueden remplazar jefes finales. Ellos también dejan un objeto especial después de ser derrotados.
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| The Fallen (Rebirth) Recompensa: Objeto de la habitación del diablo |
The Headless Horseman (Rebirth) Recompensa: A Pony |
Jefes finales[]
| Jefes finales | |||||
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| Mom (Rebirth) Jefe final del capítulo 3 | |||||
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| Mom's Heart (Rebirth) Jefe final del capítulo 4 |
It Lives! (Rebirth) Versión alternativa de Mom's Heart | ||||
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| Satan (Rebirth) Jefe final de Sheol (capítulo 5) |
Isaac (Rebirth) Jefe final de Cathedral (capítulo 5) | ||||
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| The Lamb (Rebirth) Jefe final de Dark Room (capítulo 6) |
Mega Satan (Rebirth) Jefe final del capítulo 6 (Puerta d.) |
??? (Rebirth) Jefe final de Chest (capítulo 6) | |||
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| Hush (Afterbirth) Jefe final de Blue Womb (capítulo extra) |
Ultra Greed (Afterbirth) Jefe final de Greed Mode | ||||
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| Delirium (Afterbirth+) Jefe final de The Void (capítulo final) | |||||
Subjefes[]
Los subjefes (oficialmente Minibosses; miniboss) son los monstruos que son más fuertes que los normales, pero inferiores que los verdaderos jefes. Ellos son tratados más como jefes en vez de monstruos comunes aun así. Ellos aparecen con menos presentación y suelen dar algún objeto en específico si son derrotados en sus propias habitaciones.
Habitación del Diablo / Ángel[]
En la habitación del pacto, ya sea la del diablo o del ángel, es posible enfrentar a un subjefe correspondiente a la habitación. Mientras que en la habitación del diablo es aleatorio, en la habitación del ángel es requerido despertar al subjefe intencialmente en vez.
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| Krampus (Rebirth) Recompensa: A Lump of Coal o Head of Krampus | |
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| Uriel (Rebirth) Recompensa: Key Piece 1 |
Gabriel (Rebirth) Recompensa: Key Piece 2 |
Los siete pecados capitales[]
Los siete pecados capitales (the Seven Deadly Sins) son los subjefes basados en los pecados capitales. Ellos son encontrados principales en la habitación del subjefe, excepto Greed que puede ser encontrado en habitaciones secretas. También es posible encontrarlos como monstruos en las habitaciones normales más adelante en la partida.
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| Lust (Rebirth) |
Gluttony (Rebirth) |
Sloth (Rebirth) |
Wrath (Rebirth) |
Envy (Rebirth) |
Pride (Rebirth) |
Greed (Rebirth) |
Los siete súper pecados[]
Los siete súper pecados (the Seven Super Sins) son las versiones más poderosas de los pecados. Ellos aunque tienen la misma cantidad de vida (excepto Super Envy debido a su efecto), tienen las mismas habilidades mejoradas. Sus recompensas son diferentes que la de los pecados capitales.
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| Super Lust (Rebirth) | Super Gluttony (Rebirth) | Super Sloth (Rebirth) | |||
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| Super Wrath (Rebirth) | Super Envy (Rebirth) | Super Pride (Rebirth) | |||
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| Super Greed (Rebirth) | Ultra Pride (Rebirth) | ||||