Los Finales se desbloquean cuando derrotas a jefes finales desde Mom hasta The Beast. Aquí hay un listado sobre todos los finales del juego:
Epílogo (Mamá)[]
La madre de Isaac acorrala a Isaac en un rincón, preparándose para matarlo, pero la Biblia cae desde arriba y la mata. Isaac piensa que es victorioso, pero desafortunadamente resulta ser sólo una historia que Isaac ha escrito y segundos más tarde, la puerta de la habitación de Isaac se abre y mamá aparece otra vez con el cuchillo en la mano.
Final 1 (Corazón de Mamá N°1)[]
Isaac abre y cae en el cofre, que se cierra, encerrándolo en su interior. El cofre se sacude unas cuantas veces, y luego una luz brillante sale de ella. Isaac entonces emerge de él como Edén . Esto desbloquea dicho personaje, que ha asignado al azar artículos de partida y estadísticas.
Final 2 (Corazón de Mamá N°2)[]
Isaac abre el cofre y encuentra cemento de goma dentro de él. Luego lo usa, y mira a la cámara con los ojos blancos y los párpados estirados. Esto desbloquea dicho elemento, un elemento pasivo que hace que tus lágrimas reboten frente a enemigos, objetos y paredes.
Final 3 (Corazón de Mamá N°4)[]
Isaac abre el cofre y encuentra una soga dentro de él. Luego se cuelga con ella. Esto desbloquea el elemento Transcendencia , un elemento pasivo que da vuelo a Isaac.
Final 4 (Corazón de Mamá N°4)[]
Isaac abre el cofre y encuentra una percha de alambre en su interior. A continuación, se muestra con él atascado en la cabeza. Esto desbloquea dicho ítem, un ítem pasivo que incrementa el stat de Tears de Isaac.
Final 5 (Corazón de Mamá N°5)[]
Isaac abre el cofre. Su madre es escuchada gritando su nombre. Su brazo entonces sale del cofre, golpea a Isaac, lo agarra, y lo encierra dentro de él. La risa amortiguada de mamá se escucha. Esto desbloquea el logro "Everything is Terrible", que hace que el juego sea más difícil de varias maneras.
Final 6 (Corazón de Mamá N°6)[]
Isaac abre el cofre, pero antes de que pueda revelar lo que encontró, se vuelve nauseabuno y vomita en el cofre, creando varias explosiones. Esto desbloquea el ítem Ipecac , un elemento pasivo que hace que Isaac escupa proyectiles explosivos.
Final 7 (Corazón de Mamá N°7)[]
Isaac abre el cofre y encuentra una jeringa con un líquido amarillo dentro de ella. Luego se muestra deformado y feliz. Esto desbloquea el tema Tratamiento experimental , un elemento pasivo que aleatoriamente aumenta y disminuye las estadísticas de Isaac.
Final 8 (Corazón de Mamá N°8)[]
Isaac abre el cofre y encuentra una moneda de un cuarto . Esto desbloquea dicho elemento, un elemento pasivo que instantáneamente le da a Isaac 25 centavos.
Final 9 (Corazón de Mamá N°9)[]
Isaac abre el cofre y encuentra al Dr. Fetus dentro de él. A continuación, se lo ve con el sombrero y el monóculo característicos del Dr. Fetus. Esto desbloquea dicho artículo, un elemento pasivo que convierte las lágrimas de Isaac en bombas más débiles.
Final 10 (Corazón de Mamá N°10)[]
Isaac abre el cofre y encuentra a ??? acostado dentro de ella. El mismo se sienta y le sonríe, lo que aterroriza a Isaac. Esto desbloquea a dicho personaje, que comienza con The Poop y solo puede tener corazones de alma o corazones negros.
Final 11 (Corazón de Mamá N°11)[]
Isaac abre el cofre, y It Lives aparece detrás de él. Luego éste gruñe y le sonríe. Esto desbloquea a dicho jefe, una versión más difícil del Corazón de Mamá que la reemplaza permanentemente.
Final 12 (Satán)[]
Isaac abre el cofre, que tiene una luz brillante que sale de ella. La pantalla entonces hace ciclos a través de varias escenas de diferentes personajes en diferentes lugares, antes de finalmente terminar en la habitación de Isaac. Entonces él se mete en el cofre y lo cierra.
Final 13 (Isaac)[]
Isaac se muestra leyendo una Biblia y luego mira hacia su espejo, que lo muestra con ojos rojos y piel negra. Creyendo que está lleno de pecado, Isaac cierra la Biblia y ve con vergüenza un gran cofre en la esquina de su habitación.
Final 14 (???)[]
Varios cuadros se muestran de Isaac y su familia, mostrando varios acontecimientos como Isaac que tiene una sombra demoníaca, su padre que sale, y su madre enojada que sostiene un cuchillo. La pantalla entonces se desvanece a negro y dice "El Fin" con un cofre al lado.
Final 15 (El Cordero)[]
La cámara va lentamente hacia Un Missing Poster en un poste de teléfono, con la madre de Isaac mirando alrededor en el fondo.
Final 16 (Mega Satán)[]
Isaac se muestra encerrado dentro de un cofre con la pata de Guppy visible. Su respiración y ritmo cardíaco aumentan gradualmente mientras las imágenes de un Isaac demoníaco parpadean en la pantalla, hasta que él hace la transformación demoníaca.
Final 17 (Silencio...)[]
La película comienza mostrando el Missing Poster del Final 15, con la casa de Isaac en el fondo. La escena cambia al cofre de Isaac, con la sombra de su madre sobre ella. El cofre se abre y varias moscas lo dejan. A continuación, se abre el cofre, mostrando los restos esqueléticos de Isaac. Una araña puede ser vista arrastrándose dentro del agujero del ojo del cráneo de Isaac y una mosca zooms en la cámara, entonces la escena cambia a un paisaje espeluznante y espantoso.
Isaac sale de un cofre diferente, y una sombra grande se forma detrás de él. De la sombra crecen colmillos y ojos rojos, mientras que la escena blacks hacia fuera acompañada con ambiente del sitio del diablo .
Final 18 (Final de Modo Codicia)[]
Isaac se muestra dentro de una pequeña cueva, seguido por Isaac dando la vuelta para ver la entrada de la cueva colapsando, atrapándolo y unas pocas moscas dentro de él. La pantalla entonces corta de nuevo a la misma cueva, con las rocas que son despejadas para demostrar un comerciante putrefacto. El tendero de repente sonríe a la cámara y la escena termina.
Final 19 (Final de Modo Codicioso)[]
Isaac se muestra dentro de una pequeña cueva, seguido por Isaac dando la vuelta para ver la entrada de la cueva colapsando, atrapándolo y unas pocas moscas dentro de él. La pantalla entonces corta de nuevo a la misma cueva, con las rocas que son despejadas para demostrar un comerciante putrefacto.
El tendero de repente sonríe a la cámara, su cabeza se cae, y comienza a vomitar un géiser de arañas.
Final 20 (Delirio)[]
Isaac se muestra acostado dentro de su cofre de juguetes, respirando pesadamente. En un recuerdo se le muestra dibujando y sonriendo (pero todavía desnudo), pero se distrae por un ruido (presumiblemente sus padres peleando), y mira a uno de sus dibujos de su casa con un subtítulo que dice "vivimos aquí". Él recuerda haber visto a su madre llorando delante de la televisión.
Su respiración se vuelve más rápida cuando recuerda haber visto una versión quemada de The Polaroid , o la foto rasgada , con el rostro de su padre parcialmente quemado, de pie frente a su cofre de juguete lleno de fotos polaroid. Su respiración se ralentiza, Isaac se muestra mostrando azul en el pecho y se muestra una pared.
Los cuadros colgados en la pared son (de derecha a izquierda): Isaac con sus padres; La casa de Isaac; Isaac con Guppy ; Isaac jugando con su padre; Isaac viendo a sus padres luchar; Isaac con su madre; Isaac con una peluca / Magdalena ; La madre de Isaac con un cuchillo, enojada; Un demonio con la palabra "malo" escrito con tinta roja; Un demonio sonriente con las palabras "soy el diablo" escrito en él (así como una pequeña flecha etiquetada "yo" que señala en él); Un pentagrama , una vez más con la palabra "malo" escrito en él; Y finalmente, un demonio que se muestra por encima de los padres muertos y cubiertos de sangre de Isaac, riéndose. El lado izquierdo de la pared también está cubierto con las palabras "mal", "malo" y "soy el diablo".
Cuando se muestra la pared, los ruidos de una discusión en el fondo se hacen más fuertes, culminando en la voz de un hombre que dice audiblemente "¡Me voy!". Después de un corte a negro, el esqueleto de Isaac se muestra recostado en el cofre, cubierto de telarañas. Se abre el cofre y se muestra el Missing Poster del final 15, que cae del poste de teléfono que está fuera de la casa de Isaac. Por último, Isaac se muestra vagando por el paisaje espantoso color dorado de final 17.
Final 21 (Madre)[]
Isaac está haciendo un dibujo de Mother cuando mamá entra. Él intenta ocultarle el dibujo, pero no lo logra. Indignada, le pregunta a Isaac si así es como él realmente piensa de ella. A pesar de las súplicas de Isaac, ella lo arroja al armario oscuro y se va a llorar. Después de una pausa, comienza a recitar el Padrenuestro. Isaac comienza a temblar en posición fetal en la esquina. El armario se vuelve aún más oscuro y un par de ojos rojos se desvanecen sobre él. Comienza a hiperventilar cuando una estatua de Satán aparece detrás de él.
Transcripción: Lo siguiente es una transcripción del diálogo del Final 21.
Mamá: Isaac... Qué estás dibujando?
Mamá: Isaac, déjame verlo..
Mamá: Dámelo, ahora!
Mamá: ¿Esto es lo que piensas de mí? ¿Esto es lo que soy para ti? ¿Un monstruo?
Isaac: No, no, Mamá, Yo solo--
Mamá: Después de todo lo que he hecho por ti, ¿así es como me ves? ¿Crees que soy un monstruo, Isaac? ¡Te mostraré un monstruo!
Isaac: No, Mamá, no! Por Favor!
Mamá: Eres igual que tu padre. Ni siquiera puedo mirarte.
Mamá: ¿Cómo pudiste? ¡Eres como él! *solloza*
Mamá: Padre nuestro que estás en el cielo, santificado sea tu Nombre; venga a nosotros tu Reino; hágase tu voluntad en la tierra como en el cielo. Danos hoy nuestro pan de cada día; perdona nuestras ofensas, como también nosotros perdonamos, a los que nos ofenden... (durante la oración comienza a aparecer la estatua de Satán detrás de Isaac)
Final 22 (Final Verdadero/La Bestia)[]
Transcripción del final:
Entonces, bruscamente, el cielo sobre ellos se agrietó, y un rayo blanco de luz alcanzó la Tierra, aplastando en pedazos a la madre de las rameras y provocando que el lago de sangre hierva. Mientras la bestia descendía en el lago de fuego, Isaac ascendía hacia el cielo agrietado, y mientras volaba pudo ver ecos de su pasado resonando ante él:
Él vio a su madre lamentando la perdida de su hijo.
Él vio a su padre abandonarlos sin voltearse para decir adiós.
Él vio a su madre durmiendo, y a su padre robando dinero de su bolso.
Él escuchó las peleas tardías que ellos tenían y que lo mantenían despierto por la noche, y la culpa que sentía por lo que creía que él estaba causando.
Él sintió el dolor en su estómago durante esas noches de insomnio, y él vio su sombra en el armario, esperándole.
Durante el ascenso, él sintió como sus miedos se desprendían de su cuerpo. Sus vergüenzas, sus preocupaciones, se alejaban de su ser. A medida que se hacía más liviano, su ascenso se tornaba más rápido.
Él vio a su único verdadero compañero, vivo y saludable.
Él vio a su madre y su padre reunidos otra vez, abrazados.
Él sintió a su madre besando su frente después de sus oraciones, y el alivio de saber que alguien lo estaba cuidando.
Él vio su propio nacimiento, y las caras de sus padres llenas de alegría y optimismo.
Y luego… no vio nada.
*Inicia una conversación"
-Padre de Isaac: ¿Estás seguro que esta es la forma en la que quieres que termine la historia, Isaac? Eres el único escribiéndola y no tiene porqué terminar así. Veamos, ¿Qué tal si lo contamos de una manera diferente, tal vez un final feliz?
-Isaac: Okey, Papi.
-Padre de Isaac: Bien. ¿Ya te está dando sueño?
-Isaac: Sí.
-Padre de Isaac: De acuerdo, pues... *Ejem*
Isaac y sus padres vivían en una pequeña casa, en lo alto de una colina...