Los Capítulos son conjuntos de pisos que contienen diferentes enemigos, temas, jefes y dificultades. Los primeros capítulos se dividen en dos pisos, mientras que los últimos capítulos contienen un solo piso. Cada capítulo tiene también su propia música.
Capítulo 1[]
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 Sótano
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 Bodega se desbloquea matando a todos los jefes de Sótano (excepto ciruelita)
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AB  Sótano en Llamas se desbloquea matando al corazón de mamá 11 veces
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Capítulo 1.5 (Alternativo)[]
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RP  Aguacero se desbloquea al matar a silencio 3 veces
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RP  Desechos se desbloquea al matar a todos los boses de Aguacero
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Capítulo 2[]
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 Cuevas
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 Catacumbas se desbloquea matando a todos los jefes de Cuevas (excepto bumbino}
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AB  Cuevas Inundadas se desbloquea matando a ¡Esta vivo! 16 veses
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Capitulo 2.5 (alternativo)[]
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RP  Minas se desbloquea matando a silencio 3 veces
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RP Archivo:Piso Ashpit.png Ashpit se desbloquea matando todos los jefes de RP Minas
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Capítulo 3[]
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| The Depths | Necropolis | Dank Depths |
Capitulo 3.5 (alternativo)[]
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| Mausoleum | Gehenna |
Capítulo 4[]
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| The Womb | Utero | Scarred Womb |
Capitulo 4.5 (Opcional/Alternativo)[]
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| ??? | Corpse |
Capítulo 5[]
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| Cathedral | Sheol |
Capítulo 6[]
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| The Chest | Dark Room |
End Game[]
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