Al final de cada piso, hay una habitación donde Isaac debe luchar contra un jefe.
El jefe será elegido al azar dependiendo del piso en donde este Isaac. Algunos jefes pueden aparecer en su versiones Campeones, que son como enemigos normales, lo que puede cambiar de su patron; esto ocurre con más frecuencia una vez que el jugador haya terminado el juego por sexta vez.
También se pueden encontrar Jefes fijos en ciertos pisos: Mom en Depths/Necropolis 2, Mom's Heart/It Lives en Womb/Utero 2, Satán en Sheol, Isaac en Cathedral y ??? en The Chest.
Cuando son derrotados, los jefes soltarán un objeto, y a veces siempre el mismo dependiendo del jefe que sea.
The Basement[]
The Cellar[]
(Expansión Wrath of the Lamb)
The Caves[]
The Catacombs[]
(Expansión Wrath of the Lamb)
The Depths[]
Necropolis[]
(Expansión Wrath of the Lamb)
The Womb[]
(Desbloqueado después de derrotar a Mom)
Utero[]
(Expansión Wrath of the Lamb)
Sheol[]
Cathedral[]
The Chest[]
En Cualquier Lado[]
(Puede reemplazar a cualquier jefe, excepto por los fijos)
Habitación del Diablo[]
Jefes Desbloqueables[]
Jinetes del Apocalipsis[]
Estos jefes solo están disponibles después de derrotar a Mom por primera vez, después de los créditos finales, se desbloquea el secreto "The Horsemen are on the loose!" "(¡Los Jinetes andan sueltos!)". Al ser derrotados, dejan caer el objeto Cube Of Meat. Pueden llegar a dejar otro objeto, pero es muy poco probable. Isaac podrá luchar contra uno de ellos al final de un piso mediante el Book of Revelations. Sin el Book of Revelations es extremadamente raro derrotar suficientes Jinetes para poder terminar a Meat Boy, pero sigue siendo posible.
- Famine (The Basement)
- Pestilence (The Caves)
- War (The Depths)
- Death (The Womb)
- The Headless Horseman (Puede aparecer como un jefe en casi cualquier momento)
- Conquest (Añadido en la expansion Wrath of the Lamb)
Jefes Alternativos[]
Estos jefes solo están disponibles después de que encuentres a sus respectivos desbloqueos.
- Steven (Alternativo de Gemini, desbloqueado por completar The Basement 25 veces).
- C.H.A.D. (Alternativo de Chub, desbloqueado por completar The Caves 20 veces)
- Gish (Alternativo de Monstro II, desbloqueado por complear The Depths 30 veces)
- Triachnid (Alternativo de Daddy Long Legs, desbloqueado por complear The Womb 15 veces)
- It Lives (reemplaza a Mom's Heart, desbloqueado después de derrotar a Mom's Heart 9 veces)
Mini-Jefes[]
Cada nivel tiene la posibilidad de tener una Habitación Especial en donde el jugador se enfrente cara a cara contra un mini-jefe.
Los Siete Pecados Capitales[]
Los Siete Super Pecados Capitales[]
Los "Siete Súper Pecados Capitales" fueron añadidos en la expansión Wrath of The Lamb y a veces aparecen en lugar de un Pecado Capital regular.
Ultra Pride[]
Un jefe llamado Ultra Pride fue añadido a la expansión Wrath of the Lamb en la versión 1.3. Al derrotarlo, el logro y objeto "The Left Hand" es desbloqueado.
Galería[]
