Geheimnisse sind auslösbare Ereignisse, die im Hauptmenü aufgelistet werden. Durch verschiedene Aktionen können Geheimnisse freigeschaltet werden und fügen somit meist neue Items , Bosse , Charaktere oder andere Dinge zum Spiel hinzu. Durch das Add-On Wrath of the Lamb gibt es im Spiel insgesamt 113 Geheimnisse.
In-Game Geheimnisse (113) [ ]
Spielfortschritt Geheimnisse [ ]
Charaktere und deren Items [ ]
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Cain " - Besitze 55 Pennies in einem Durchgang. (Charakter)
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The Lucky Foot " - Besitze 55 Pennies in einem Durchgang. (Passives Item)
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Magdalene " - Besitze 7 rote Herzcontainer in einem Durchgang. (Charakter)
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The Yum Heart " - Besitze 7 rote Herzcontainer in einem Durchgang. (Aktivierbares Item)
Geheimnisse beim Beenden des Spieles [ ]
"Everything is Terrible!!!" - Beende
The Womb 6 Male. (Schwierigkeit des Spieles wird erhöht)
Alternativ-Bosse und deren Items [ ]
Nebenaufgaben [ ]
"
Mr. Mega! " - Zerstöre 10 gefärbte
Steine über mehrere Durchgänge. (Passives Item)
"
The Bean " -Zerstöre 50
Haufen über mehrere Durchgänge. (Aktivierbares Item)
Geheimnisse für das unbeschadete Beenden einer Ebene [ ]
"Basement Boy" - Beende
Basement ohne Schaden zu erleiden. Der Boss auf Basement II muss besiegt werden.
"Spelunker Boy" - Beende
Caves ohne Schaden zu erleiden. Der Boss auf Caves II muss besiegt werden.
"Dark Boy" - Beende
The Depths ohne Schaden zu erleiden. Der Boss auf The Depths II muss besiegt werden.
"Mama's Boy" - Beende
The Womb ohne Schaden zu erleiden. Der Boss auf The Womb II muss besiegt werden.
Neue Geheimnisse durch das Halloween Update 2012 [ ]
"Golden God!" - Schalte alle Geheimnisse frei und vervollständige die Kollektion.
Dieses Achievement kann erhalten werden, wenn man alle Items bis auf eines besitzt, sollte man Krampus besiegt haben und bereits das Item A Lump Of Coal besitzen.
Wrath Of The Lamb Geheimnisse (34) [ ]
Charaktere [ ]
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Samson " - Beende
The Depths II, aber nehme nicht die Items auf 2 vorhergehenden Itemräumen. (Charakter)
Geheimnisse beim Beenden des Spieles [ ]
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The Candle " - Beende Herausforderung 1. (Aktivierbares Item)
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Lucky Toe " - Beende Herausforderung 2. (Trinket)
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Mega Fetus " - Beende Herausforderung 6. (Passives Item)
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Super Fan " - Beende Herausforderung 7. (Passives Item)
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Spider Butt " - Beende Herausforderung 8. (Aktivierbares Item)
"Counterfeit Coin" - Beende Herausforderung 9. (Trinket)
"The Egg Sack" - Beende Herausforderung 10 (Passives Item)
Nebenaufgaben [ ]
"!Platinum God!" - Besitze 197 Items und schalte alle anderen 97 Geheimnisse frei.
Eternal secrets [ ]
"Eternal Mom" töte Eternal Mom
"Eternal Satan" töte Eternl Satan
"Eternal Cathedral" - Töte Eternal Isaac
"Eternal Blue"- besiege eternal
???(Boss) in The Chest.
"Eternal God"-Besitze 197 Items und schalte alle anderen 113 Geheimnisse frei.
"Eternal Eve"-Beende the Chest mit Eve im Hardmode.
"Eternal Samson"-Beende the Chest mit Samson im Hardmode.
"Eternal Magdalene"-Beende the Chest mit Magdalene im Hardmode.
"Eternal Judas"-Beende the Chest mit Judas im Hardmode.
"Eternal Personalities"-Beende the Chest mit allen Charakteren im Hardmode.
"Eternal Cain"-Beende the Chest mit Cain im Hardmode.
"Eternal Isaac"-Beende the Chest mit Isaac im Hardmode.
"Eternal ???"- Beende the Chest mit ???