Die Catacombs sind die (mit Wrath of the Lamb eingeführte) Alternativebene von den Caves. Wörtlich übersetzt handelt es sich um Katakomben. Es sieht den Caves sehr ähnlich, hat jedoch stellenweise tragende Säulen an den Wänden und ist mit Spinnweben überdeckt.
Umkreist Kornige Haufen. Solange sie weiß ist und etwas umkreist, ist sie unverwundbar.
Zerstört man den Haufen, verwandelt sie sich in eine Rote Fliege. Für den Abschluss des Raumes (Türen öffnen / Item aufladen) müssen weder die weißen, noch die verwandelten Roten Fliegen getötet werden.
Bewegt sich schnell, aber geradlinig und ruckartig durch den Raum. Erblickt sie den Spieler, läuft sie meist in seine Richtung – dadurch lässt sich leichter ausweichen.
Laufendes Boil. Kann nicht schrumpfen – und schießt deswegen bis zum Tode eine große Menge Bluttropfen. Dafür ist die Feuerrate geringer als bei Boils.
Nur von hinten (rosa) angreifbar. Bewegen sich ausschließlich horizontal und vertikal. Erblicken sie den Spieler rennen sie blindlings auf ihn zu - danach ändern sie die Richtung erst, wenn sie etwas berühren.
Erblickt es den Spieler, öffnet es wenige Augenblicke später seine Bauchdecke. Es spuckt dann einen kleinen Wurm, der gerade in Blickrichtung der Kreatur fliegt - und zu ihr zurückkehrt.